Contestando rápidamente, cuando te referís a ejecutar un archivo te referís a un ".exe" ?.
Si es así, y el FileSystemWatcher no te ayuda informando que un archivo está siendo accedido (sé que tiene varias opciones pero no recuerdo todas ahora porque no solamente detecta modificación de directorios, son varias cosas más), se me ocurre que podrias consultar los procesos que hay en ejecución en la máquina (siempre que ese programa se esté ejecutando en la misma máquina que corre el programa "detector") y ver si el nombre aparece en esa lista.

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Victor H. Passador